垂直低溫操作臺與水平低溫操作臺相比存在著顯著的差異。垂直低溫操作臺臺面上方是直立風機，噪音很大。水平是醫療工程中最常用的，它能給人們提供一個很好的選擇。

水平低溫操作臺：廣泛用于電子、國防、精密儀器、儀器儀表、醫藥等行業。

垂直低溫操作臺：在需要局部清洗時，在垂直方向上廣泛使用超凈工作臺。生物醫學，光電產業，微電子器件，硬盤制造等。

側向流、垂直DC清洗工作臺能夠滿足檢測要求，并考慮氣流的類型。垂向送風一般是由垂直向下的。立式歧管及平板臺面可有效防止外界混合及操作氣味刺激人體。如將顯微鏡放在工作臺上，可用顯微鏡加以阻隔。在這方面，應該選擇橫流清洗臺面，但通常測試是垂直的，玻璃門一般上下移動。

結果表明，水平送風與垂直送風并無明顯差別，應根據試驗要求選擇合適的送風方式。